Житие Нила Столбенского описано в XVI веке иноком вологодской Свято-Троицкой Герасимовой пустыни Филофеем Пироговым на основе записей о жизни и чудесах преподобного, составленных Германом, первым игуменом Нило-Столобенской пустыни
Преподобный Нил Столобенский родился во второй половине XV века в одном из селений Деревской Пятины Жабенского погоста в Новгородской земле. В раннем возрасте он осиротел и пришёл в Крыпецкий монастырь, где принял монашеский постриг с именем Нил в честь преподобного Нила Постника.
Чтобы избежать мирской славы, преподобный Нил в 1515 году испросил благословение настоятеля и покинул Крыпецкий монастырь для пустынножительства. Полагаясь на указание Божие, преподобный прошел много необитаемых мест и наконец, придя в Ржевскую землю, избрал пустынное лесистое место близ реки Серемхи (или Черемхи). Поставив там небольшую келью, святой предался подвигам непрестанной молитвы и воздержания.
Постепенно известия о поселившемся в лесу отшельнике стали распространяться, к Нилу начали приходить люди за наставлениями и молитвами. Тяготясь вниманием, он в 1528 году оставил свою Серемхскую пустынь и переселился на остров Столобный на озере Селигер. Через пять лет после смерти Нила над его могилой в часовне была устроена гробница, которую покрыли покровом. В 1595 году была написана первая икона преподобного и вслед за этим, по мнению Е. Е. Голубинского, началось его местное почитание
Третье обретение честной главы святого Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна было около 850 года. Во время волнений в Константинополе в связи с ссылкой святителя Иоанна Златоуста (память 13 ноября) глава святого Иоанна Предтечи была унесена в город Емесу. Оттуда во время набегов сарацин она была перенесена (около 810 - 820 гг.) в Команы и там, в период иконоборческих гонений, была скрыта в земле. Когда иконопочитание было восстановлено, патриарху Игнатию (847 - 857) во время ночной молитвы было указано в видении место, где скрыта глава святого Иоанна Предтечи. Первосвятитель сообщил об этом императору, который послал посольство в Команы, и там глава была в третий раз обретена, в указанном патриархом месте, около 850 года. Позже глава вновь была перенесена в Константинополь и здесь 25 мая положена в придворной церкви, часть святой главы находится на Афоне.